Zwischen den beiden Steps: sehr wenig. Sekunden wenn es wenige Datensätze sind, wenige Minuten unter Last
(das ist ein x-beliebiger Run, nicht der vor dem Fehler. Da ist das Log schon leer. Aber das wird sich da auch nicht anders verhalten haben)
Da wird der Hund begraben liegen, denn so viel Zeit vergeht nicht.
Bei wenig Last verhält es sich so:
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(A) der erste Flow läuft immer zur vollen und halben Stunde, und schreibt etwa eine Minute später zwei Mal in den Datastore
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(B) der stößt einen Flow an, der einen Flow anstößt, der einen Flow anstößt, der etwa 1-2 Minuten später erneut zwei Mal in den Datastore schreibt
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(C) der dritte Flow läuft unabhängig davon, und schreibt etwa 22 Minuten nach der vollen Stunde ebenfalls zwei mal in den Datastore
Bei viel Last verzögert sich alles etwas mehr, aber auch dann wird es immer wieder dazu kommen dass keine 10 Minuten zwischen den Schreibvorgängen liegen
Wirklich verhindern kann ich das nicht, die drei Flows haben andere Inputs und schreiben z.T. verschiedene Zeilen im Datestore (also legen die an), es gibt aber auch Überschneidungen, also dass ein Flow eine Zeile aktualisiert die kurz davor bereits von einem anderen geschrieben wurde.
Mir würde noch ein ganz grauenhafter Workaround einfallen:
Bevor unser Vertrag groß genug war für die Datastore-Management Features, hab ich mir die Funktionalität selbst gebaut, und bei Querverweisen immer den Status mit rein geholt, und wenn er auf MARK_DELETE stand, den verwiesen Wert selbst genullt 
Das ist funktional das selbe wie ein Querverweis auf eine Zeile die durchs Cleanup bereits entfernt wurde (und in der der QV einen Default von 0 hat für nicht gefundene Datensätze), aber es ist halt echt nicht schön im Handling.
Anderer Ansatz wäre, dass die drei Flows alle eigene Datastores verwenden. Ich verweise da nix zwischen Flows, jeder geschriebene Datensatz wird immer auch nur von dem Flow gelesen der ihn auch geschrieben hat.
Ich hab sie halt zusammen gelegt, weil sie alle das selbe (Bestände im selben Lager) schreiben, und es halt aufgeräumter ist alles in einem zu haben. Und weil es am Ende drei Lager pro Flow sind, und wenn ich das aufsplitte, ich dann neun Datastores statt drei benötige.
Ich glaube ich warte jetzt mal, wie sehr mich die Mail mit dem Fehler in Zukunft noch nerven wird
Hauptsaison ist bald vorbei, dann wird das bestimmt besser…
Und wenn nicht, dann einzelne Datastores. Dann vergeht auch genug Zeit.
Primär wollte ich egtl auch nur wissen, ob ich irgendwas falsch mache und den Fehler vermeiden kann. Soweit ich sehen kann, hat er bis jetzt kein grobes Fehlverhalten verursacht, ich wollte nur die Mail nicht immer wegklicken müssen 
Grüße Daniel